Dans cette 2e saison de Eaux turbulentes, nous retrouvons les enquêteurs Marianne Desbiens et Charles Carignan de la police de Queensbury. Ils investiguent sur la mort mystérieuse de Macha, la fille de Régis Filion, un homme d’affaires influent de la région. Cette mort survient le jour même du mariage de Macha avec un autochtone et envoie les enquêteurs sur la piste d'un crime haineux. Mais petit à petit, l’enquête révèle des informations troublantes sur un méga projet de développement résidentiel qui suscite beaucoup de protestations auprès des communautés autochtones du Nord de l’Ontario. L’ex de Marianne, Joe Naveau, initie leur fils Billy à son histoire autochtone et l’encourage à militer pour la protection du territoire. Billy se lie avec un petit groupe un peu trop extrémiste et bascule du côté de la violence. Jusqu'où ira Marianne pour le protéger? Sa relation fragile avec Charles, son collègue, survivra-t-elle à leurs divergences de visions? Au fil de l'enquête, Marianne renoue avec Lionel Chevalier, policier et ex-partenaire de son père. Elle réalise que, sans le faire exprès, elle est en train de boucler la dernière enquête de son père, celle qu'il menait avant de disparaître mystérieusement, emporté par le courant.